总公司注销，分公司也要注销。有分公司的公司申请注销登记，还应当提交分公司的注销登记证明。
相关法律规定公司撤销分公司的，应当自撤销决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关核准注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。